应急管理学院实行学校党委行政和理事会共同领导下的学院党政共同负责制。采用政产学研结合的方式，成立由镇江市人民政府、学校、企业、行业等多方代表组成的理事会和国内外应急专家组成的专家指导委员会，学院组织运行构架如图所示。
设立理事会，由政府、学校、企业、行业等多方组成，负责对应急管理学院办学中有关重大问题进行审议、决策、指导；理事会设置理事长1人，副理事长1人，理事7人，每一届理事会任期三年，每学期至少召开一次会议。
设立学院专家指导委员会，由高校和企业的专家学者共同组成，负责对应急管理学院办学中有关专业设置和专业建设、培养方案制订、课程建设、“双师双能型”教师队伍建设、行业企业专兼职教师选派、校内外实验实习实训基地建设等重大问题进行审议、决策、检查、指导、咨询、监督和协调。
学院设院长1名，执行院长1名，书记1名，副院长4名（其中1名由企业专家兼任）；学院下设产学研合作部、社会培训部、综合管理部、中心实验室、本科教学部、研究生教学部、学生工作部、院团委等部门，其中本科教学部下设置各个专业系，承担人才培养方案的制定、课程体系的建立、课程内容的构建、教材的选用和编写、实验实践（含毕业设计）环节的安排和指导；学院建立健全完善的管理和考评机制，为企业参与学院的专业建设和人才培养提供了良好的保障。
